И. М. Губкин и П. П. Лазарев выступили с категорическим протестом против предоставления концессии на разведку месторождений железных руд в Курской губернии, которую Горный совет собирался выдать Иоганну Штейну. «Исследования КМА, —считали Лазарев и Губкин, — являются честью советских ученых и инженеров». Только вмешательство В. И. Ленина, который внимательно следил за ходом работ по изучению Курской магнитной аномалии, заставило Горный совет отказаться от идеи передачи производства глубокого бурения и эксплуатации месторождений КМА в концессию.
Вспоминая впоследствии об этой борьбе, И. М. Губкин писал: «Курскую магнитную аномалию не удалось дискредитировать, несмотря на все попытки ее врагов, ибо у нее был друг и защитник — великий Ленин».
24 августа 1920 года В. И. Ленин подписал постановление СТО РСФСР о развертывании буровых работ в районе Курской магнитной аномалии.
В нем впервые была дана настоящая оценка значения проблемы КМА и все работы, связанные с разведкой месторождений железных руд КМА, признавались имеющими особо важное государственное значение.
Выполняя указания В. И. Ленина, Губкин стремился форсировать разведочные работы, быстрее организовать бурение глубоких скважин.
В этой работе приняли участие профессор П. М. Никифоров, вице-президент Академии наук В. А. Стеклов, известный ученый О. Ю. Шмидт.
За два с половиной года исследований выявлены были данные по 10 200 точкам, что в два с половиной раза превышало количество точек на магнитной карте профессора Э. Е. Лейста. Эти точки были сосредоточены на меньшей, чем у Лейста, площади, благодаря чему можно было составить более точную и рельефную картину аномалий.
Первая буровая скважина была заложена у деревни Лозовки около Щигров. За результатами бурения внимательно следил В. И. Ленин. Он просил И. М. Губкина держать его в курсе событий и отчеты о проходке скважины присылались ему регулярно. Даже будучи больным, Ленин продолжал следить за разведками железных руд на КМА.
Иван Михайлович Губкин неоднократно выезжал на места бурения скважин. Летом 1923 года он выступил на съезде работников просвещения в Щиграх, рассказал о работе, какую проводят ученые по исследованию КМА, об огромной помощи, оказываемой В. И. Лениным, а вернувшись из Щигров, передал Ленину через Н. К. Крупскую альбом фотографий, сделанных в районе буровых работ, и фотографию участников съезда.
И. М. Губкин был страстным энтузиастом и пропагандистом исследований КМА. В ноябре 1922 года он выступил на заседании первого Всероссийского съезда по горной промышленности. Его сообщение о разведках месторождений железной руды КМА вызвало большой интерес.
7 апреля 1923 года были добыты первые керны железной руды. Это была выдающаяся победа покорителей КМА, Владимир Маяковский посвятил стихотворение «Рабочим Курска, добывающим первую руду, временный памятник работы Владимира Маяковского». Газета «Правда» 28 апреля 1923 года писала: «Мы решили довести эти работы до конца, отказавшись от сдачи их в концессию германским предпринимателям. Работы наших ученых вызывали подчас недоверие и скептицизм. Некоторым казалось, что это предприятие осуждено на неудачу и ничего нам не обещает, кроме растраты нескольких сот тысяч золотых рублей.